როგორც ელექტრონული მმართველობის, ისე მონაცემთა გაცვლის ინფრასტრუქტურის ამოქმედება ზრდის ინფორმაციული უსაფრთხოების საფრთხეს. კიბერ- შეტევების, კიბერ ინციდენტების პრევენციისთვის მონაცემთა გაცვლის სააგენტოში მოქმედებს სტრუქტურული ერთეული - კომპიუტერულ ინციდენტებზე სწრაფი რეაგირების ჯგუფი, რომლიც წარმოადგენს ქვეყნის მასშტაბით ინფორმაციულ ინციდენტებზე რეაგირების მთავარ ორგანოს. მონაცემთა გაცვლის სააგენტოს პრეროგატივაა ინფორმაციულ და საკომუნიკაციო უსაფრთხოებასთან დაკავშირებით საერთო სტანდარტებისა და პოლიტიკის შემუშავებაც.